במקום ממוגן ומאובטח במרכז היישוב, פועל חדר הפעלה היישובי, המאפשר בכל רגע נתון להמשיך ברציפות התפקודית של המועצה. חדר זה זכה לתשבחות רבות ממפקדת העורף וממפקד מחוז ת"א במשטרה ונציגי ממשלה נוספים.

המתחם מחולק לשלושה חלקים מרכזיים:

  • חדר מצב –  חדר ניהול כללי ובו 10 עמדות של מנהלי המחלקות (ראשי המכלולים) וראש המועצה.
  • "האקווריום" – 4 עמדות נוספות הכוללות טלפון לקבלת הודעות תושבים ועמדת קמב"ץ להזרמת מידע לחדר המרכזי.
  • אזורי עבודה – הוכשר מתחם נוסף במרכז ההפעלה המחולק למספר עמדות  בו כל צוות מחלקתי (מכלול) מתאם ומתכן פעולות בטרם יציאה לשטח ודיווח לשולחן המרכזי .

במרכז ההפעלה קימת עמדה ייעודית עבור היקל"ר, היחידה המקשרת בין צרכי המפקדות וגופי הביצוע, לבין הרשות המקומית ולהיפך, וזאת על מנת לייעל את שיטת העבודה והשת"פ מול כלל הגורמים החיצונים בהקשר של התגוננות אזרחית, חילוץ והצלה.

נבנתה שיטת הפעלה ברורה וייחודית בין כלל ראשי המחלקת בחרום  כולל חדשנות בנושא הזרמת נתונים (מערכת שוע"ל) תחזוקה שוטפות של תיקי החרום והכשרות העובדים במכללה לאיתנות של פקע"ר.